然而,从一开始他的兴趣就主要集中在实验病理学和细菌学上。他研究了蓖麻毒素和相思豆毒素蛋白的毒性作用,以及一种动物血清在另一种动物组织中的反应,这也在某种程度上预测了里歇(Richet)所发现的过敏性反应,同时他还描述了白喉毒素的局灶性坏死作用。在细菌学方面,福来克斯纳曾受马里兰州卫生部门委托研究脑膜炎。1899年,在到费城担任宾夕法尼亚大学病理学教授之前,他作为委员会一个成员被约翰霍普金斯医学院派遣到菲律宾进行了几个月的疾病研究,当时菲律宾的管辖权刚从西班牙转交至美国[5]。在这段时期,他开创性地研究了细菌性痢疾,并以他的名字命名了“福氏志贺氏杆菌”(Shigella flexneri)。在菲律宾岛上,委员会得到了一位年轻的医学官员理查德·斯特朗(Richard P. Strong,1872-1948)的支持,他后来在许多热带病的研究方面硕果累累,从常见的结肠内阿米巴属杆菌中鉴别出致病性阿米巴变形虫“溶组织阿米巴原虫”,并发现了阿米巴型痢疾在菲律宾的广泛流行。