第一阶段：经典中医理论的形成。
1殷商时期屠杀奴隶，得到脏腑实体的知识
《灵枢.胃肠篇》：黄帝问于伯高曰：余愿闻六府传谷者，肠胃之小大长短，受谷之多少奈何?伯高曰；请尽言之，谷所从出入浅深远近长短之度：唇至齿长九分，口广二寸半。齿以后至会厌，深三寸半，大容五合。舌重十两。长七寸，广二寸半。咽门重十两，广一寸半，至胃长一尺六寸。胃纡曲屈，伸之，长二尺六寸，大一尺五寸，径五寸，大容三斗五升。
小肠后附脊，左环回周迭积，其注于回肠者，外附于脐上，回运环十六曲，大二寸半，经八分分之少半，长三丈二尺。回肠当脐，左环回周叶积而下，回运环反十六曲，大四寸，径一寸寸之少半，长二丈一尺。广肠傅脊，以受回肠，左环叶脊上下辟，大八寸，径二寸寸之大半，长二尺八寸。肠胃所入至所出，长六丈四寸四分，回曲环反，三十二曲也。
以上是原文。
与西医解剖学相比较，《内经》中的“小肠”应为西医的十二指肠、空肠，“回肠”应为西医的回肠、结肠上段，“广肠”应为西医的乙状结肠、直肠。但是《内经》“小肠”、“回肠”、“广肠”之间的分界线说得比较含糊，无法用西医解剖术语精确表述，各段长度数据仅供参考。而且其中的“丈”、“尺”、“寸”等单位合在公制长度单位多少还有待分析。不过人们发现这些疑问可以暂时跳过，可以从消化道各段长度比例入手另辟蹊径（寻找另外一个参照物）。
西医解剖学中，成人食道长度与下消化道长度(胃以下到肛门)的比值是固定的，根据现代解剖学数据，成人食道长约25cm，下消化道长925cm，二者比例是1：37。而《灵枢》中食道长1尺6寸（咽门……至胃长一尺六寸），下消化道长5丈5尺8寸（小肠……长三丈二尺。回肠……长二丈一尺。广肠……长二尺八寸），二者比例是1：35。非常接近，这说明《灵枢》中的数据是经过实测的，而且是准确的。
如果按食道长1尺6寸合25cm分析，《灵枢.胃肠篇》里的一尺合15.6cm，而如果用下消化道长5丈6尺8寸合925cm分析，《灵枢.胃肠篇》里的一尺合16.29cm。而南京博物馆所藏出土于安阳的商代骨尺长度为16.95cm。考虑到解剖学个体差异以及远古时代度量衡的精确度，再加上从西周到现代55种“尺”没有一种小于22.7cm，可以肯定，《灵枢.胃肠篇》里的长度是商朝的原始数据，而且以后没再重新测量过。
关于殷商时代医学的发展，甲骨文中有多种疾病的记载。当时人殉、人祭之风盛行，奠基、丧葬、祭祀杀人最多一次超过2000，而且砍头、断肢、剖腹……手段极为残忍，殉难者的遗体大多随意弃置，奴隶几乎没有任何社会地位，与牲畜无异。这种情况下，对这些尸体进行实体观察，测量，破腹挖心不会有任何舆论阻力，甚至不排除有活体破腹挖心的可能性。《灵枢.胃肠篇》中的数据很可能就是这样得到的。屠宰动物也是认识脏腑的重要依据。
通过屠杀俘虏，宰杀动物，认识到了五脏六腑的大小，位置；观察日常生活，知道了饮食与大小便，出汗之间的关系；观察到死亡与心跳之间有直接关系，情绪变化与心跳有关；胸部运动与呼吸相关；妇女月经与怀孕有关，流产的块状物与精、胎儿有关；不同药物的味觉，气味能够治疗不同的疾病；针刺四肢可以治疗内脏的疾病……积累了大量的药物与疾病之间的关系，
这些零散的，大量的基本常识需要归类，系统化，古人以阴阳五行为参照系，运用取象比类，反复推理演绎，归纳，分析综合，才在《内经》中的各个不同部分，把这些知识进行归类，还没有形成系统的五脏藏象理论。《难经》对于《内经》做了补充，解释了一些疑难问题。《伤寒杂病论》在临床实际上，应用了《内经》的相关理论，创立了理法方药的临床理论体系。之后，各家学说蜂起，直至明清时期，建立起完整的中医理论体系。
由此可知，关于人体各部位的命名，实体的测量，各脏腑的命名，位置关系等等，都不一定是医者干的事，战士，将军，祭师，巫师，神职人员，巫医，屠夫等等把这些事都完成了。
五脏的功能，来源于远古时代基本的生活常识，或者巫医。例如：判定死亡的标准是心脏停止跳动，血流完了人就死亡了，死亡在古代是非常神秘的事，是神在主导，由此，人们认识到心主神，心主血脉。心情不好，肝区胀闷感，长出一口气，能够缓解，认识到肝主疏泄；长期心情不好，消化功能降低，认识到这也是肝气郁结引起的。呼吸的时候，胸廓一起一伏，认识到肺主气，司呼吸。等等，这些知识未必是医生发现的，而是来源于基本的生活常识。
当时的医药知识散在于诗经，山海经，离骚，各种哲学著作，五十二病方……等非医学著作中。
奴隶社会的“中医”，打上了奴隶社会意识形态的烙印。
2 五行配五脏是在祭祀活动中逐渐形成的 中医的零散的经验、知识，在春秋战国时期与阴阳五行不期而遇，阴阳五行成为中医的基础和理论框架。
“五行”这个词散见于众多古代文献中，如《尚书》、《国语》、《左传》等。五行学说起源于《尚书·洪范》已得到公认，其详细论述的“五行”，已非简单观念，而是相当系统的体系：“初一曰五行。一曰水，二曰火，三曰木，四曰金，五曰土。水曰润下，火曰炎上，木曰曲直，金曰从革，土爰稼穑。润下作咸，炎上作苦，曲直作酸，从革作辛，稼穑作甘。”
五行最初源于五材，五材则导源于六府。古代有木、火、土、金、水、谷六府主管事务，周幽王之后撤销谷府，逐渐形成“五材”。《国语·鲁语》《左传·昭公三十二年》中均有所记载，春秋时期，五行基本确定。
关于五行的配属在历史上有不同的几种格局，而产生分歧的关键在于五行配脏问题。如《吕氏春秋·十二纪》和《礼记·月令》中都记载了相同的五行配属：
《孟春纪·正月纪》：一曰孟春之月……其味酸……其祀户，祭先脾。注曰：“脾属土，陈爻且豆脾在前。故曰：“祭先脾。春木胜土，先食胜也。一说脾属木，自用其藏也。”
《孟夏纪·四月纪》：一曰孟夏之月……其味苦…其祀灶，祭先肺。注曰：“肺，金也。祭礼之先进肺，用其胜也。一曰肺火，自用其藏。”
《季夏纪·六月纪》：一曰季夏之月……其味甘……其祀中矲，祭先心。注曰：“土王中央，故祀中矲.矲，室中之祭，祭祀之肉先进心。心，火也，用所胜也。一曰心土，自用其藏也。”
《孟秋纪·七月纪》：一曰孟秋之月……其味辛……其祀门，祭先肝。注曰：“肝，木也。祭祀之肉用其胜，故先进肝。又曰：肝，金也，自用其藏也。”
《孟冬纪·十月纪》：一曰孟冬之月……其味咸……其祀行，祭先肾。注曰：“祭祀之肉先进。肾属水，自用其藏也。”
从上述文字中可以了解到：在《吕氏春秋·十二纪》和《礼记·月令》中是以十二月配五行来说明祭祀活动，以脾属木，肺属火，心属土，肝属金，肾属水。
《古尚书》说：脾，木也；肺，火也；心，土也；肝，金也；肾，水也。许慎按：《月令》‘春祭脾，夏祭肺，季夏祭心，秋祭肝，冬祭肾’。”与《古尚书》同。郑驳之云：“《月令》祭四时之位，及其五藏之上下次之耳。冬位在后而肾在下，夏位在前而肺在上，春位小前故祭先脾，秋位小却故祭先肝。肾也、脾也，俱在鬲下。肺也、心也、肝也，俱在鬲上。祭者必三，故有先后焉，不得同五行之气，今医疾之法，以肝为木，心为火，脾为土，肺为金，肾为水，则有瘳也。若反其术，不死为剧。”如郑此言，五行所主，则从《今文尚书》之说，不同许慎之义。
《吕氏春秋》成书于战国末年，在其后的西汉著名学者扬雄在其著作《太玄》中，提出了与《吕氏春秋》大致相同的五行配脏格局。但晋·范望在注释《太玄》时提出的五行配脏依据与《吕氏春秋·十二纪》和《礼记·月令》不同。
三八为木……为东方为春……声角……色青……味酸……生火胜土……藏脾。范望注：“天有五行，人有五藏，脾藏色青，故在木也。”
四九为金……为西方为秋……声商……色白……味辛……生水胜木……藏肝。范望注曰：“肝色黄，金之精者亦黄，故金藏黄肝。”
一六为水……为北方为冬……声羽……色黑……味咸……生木胜火……藏肾。范望注曰：“肾，色黑也。”
二七为火……为南方为夏……声徵……色赤……味苦……生土胜金。范望注曰：“肺之言敷也。象火敷扬，故火在肺。”
五五为土，为中央为四维……声宫……色黄……味甘……生金胜火……藏心。
上述文字表明：扬雄《太玄》中五行配脏与《吕氏春秋·十二纪》、《礼记·月令》大致相同，但论述却有差异。这是因为扬雄崇信道家的自然论，他的学术思想是老子和易传学说的混合体。他论述五行的生成是出于阴阳匹耦的变化。在《河图》中，阳数一与阴数六相匹耦于北方，阴数二与阳数七相匹耦于南方，阳数三与阴数八相匹耦于东方，阴数四与阳数九相匹耦于西方，阳数五与阴数十相匹耦于中央。由《太玄》中论述的五行配属可知，扬雄的五行配属观是深受易传学说的影响。晋代范望在注释时，不是象《吕氏春秋·十二纪》以祭祀定五脏之位，而是依据五脏的功能来解释配属的原因，这种解释更贴近临床实践。
另一种配脏法（即医学配脏法）最早见于西汉时，《淮南子·地形训》中记载有：苍色主肝……赤色主心……白色主肺……黑色主肾……黄色主胃。
《古尚书》说：脾，木也；肺，火也；心，土也；肝，金也；肾，水也。许慎按：《月令》‘春祭脾，夏祭肺，季夏祭心，秋祭肝，冬祭肾’。”与《古尚书》同。
至东汉时，郑玄在《礼记注疏·祭先脾孔疏》中驳之云：“《月令》祭四时之位，及其五藏之上下次之耳。冬位在后而肾在下，夏位在前而肺在上，春位小前故祭先脾，秋位小却故祭先肝。肾也、脾也，俱在鬲下。肺也、心也、肝也，俱在鬲上。祭者必三，故有先后焉，不得同五行之气，今医疾之法，以肝为木，心为火，脾为土，肺为金，肾为水，则有瘳也。若反其术，不死为剧。”郑玄提出了与《黄帝内经》完全相同的五行配脏观。 “今医疾之法，以肝为木，心为火，脾为土，肺为金，肾为水，则有瘳也；若反其术，不死为剧。”这表明郑玄提出五行配脏法的直接依据是医疗实践。至《黄帝内经》时，在《淮南子·地形训》提出的五色配脏的基础上，《素问·阴阳应象大论》完整地提出了五行配脏观，且一直沿用至今。
3 《黄帝内经》中的五行配脏观较《吕氏春秋》中的晚，它是源于古人的医疗实践，并依据五行的特性运用推演络绎，取象类比的方法来阐述的。
《素问·阴阳应象大论》原文（略）
原文精简如下：
东方生风，风生木，木生酸，酸生肝，在藏为肝，在音为角，在味为酸，在色为苍……。
南方生热，热生火，火生苦，苦生心，在藏为心，在音为徵，在味为苦，在色为赤……。
中央生湿，湿生土，土生甘，甘生脾，在藏为脾，在音为宫，在味为甘，在色为黄……。
西方生燥，燥生金，金生辛，辛生肺，在藏为肺，在音为商，在味为辛，在色为白……。
北方生寒，寒生水，水生咸，咸生肾，在藏为肾，在音为羽，在味为咸，在色为黑……。
《素问·灵兰秘典论篇第八》中，五行与十二官的配属，运用了取象比类的方法，说明了五脏在正常情况下，没有疾病的时候的五脏功能，按照形式逻辑的说法，就是给五脏六腑各自下了一个定义（种加属差），形成了藏象学说的雏形。（取象比类内含着形式逻辑）
《素问·灵兰秘典论篇第八》 黄帝问曰：愿闻十二藏之相使，贵贱何如？岐伯对日：悉乎哉问也。心者，君主之官也，神明出焉。肺者，相傅之官，治节出焉。肝者，将军之官，谋虑出焉。胆者，中正之官，决断出焉。膻中者，臣使之官，喜乐出焉。脾胃者，仓廪之官，五味出焉。大肠者，传道之官，变化出焉。小肠者，受盛之官，化物出焉。肾者，作强之官，技巧出焉。三焦者，决读之官，水道出焉。膀航者，州都之官，津液藏焉，气化则能出矣。凡此十二官者，不得相失也。故主明则下安，以此养生则寿，殁世不殆，以为天下则大昌。主不明则十二官危，使道闭塞而不通，形乃大伤，以此养生则殃，以为天下者，其宗大危，成之戒之！
把这两篇合二为一，至此，源于医疗实践并依靠五脏功能来配属的五行配脏格局已形成。但是还不能够得出《内经》的五脏配属五行的全部内容，还需要把其他章节的相关内容综合在一起，得出完整的脏腑学说，才能够成为一个系统。
例如：黄帝内经第二十二篇 藏气法时论【原文】岐伯曰：
肝主春，足厥阴、少阳主治，其日甲乙；肝苦急，急食甘以缓之。
心主夏，手少阴、太阳主治，其日丙丁；心苦缓，急食酸以收之。
脾主长夏，足太阴、阳明主治，其日戊己；脾苦湿，急食苦以燥之。
肺主秋，手太阴、阳明主治，其日庚辛；肺苦气上逆，急食苦以泄之。
肾主冬，足少阴、太阳主治，其日壬癸；肾苦燥，急食辛以润之。开腠理，致津液，通气也。
这一段话论述“合人形以法四时五行五治”的道理，阐明五脏病“愈”“加”、“持”、“起”的时间禁忌与治则，五脏虚实的症候及具体治法，论述五色、五味及五谷、五果、五畜、五菜对五脏之所宜。
把散在于《内经》各篇章中脏腑的功能与异常，归类完整，成为现在简单的一张表。
中医五行分类表——五行与人体和自然界的对应关系
五行 木 火 土 金 水
形体 筋 脉 肉 皮毛 骨
情志 怒 喜 思 悲 恐
五声 呼 笑 歌 哭 呻
变动 握 忧 哕 咳 栗
五音 角 徵 宫 商 羽
五味 酸 苦 甘 辛 咸
五色 青 赤 黄 白 黑
五化 生 长 化 收 藏
五气 风 暑 湿 燥 寒
五方 东 南 中 西 北
五季 春 夏 长夏 秋 冬
这个理论经过反复的实践，与事实符合的保留，成为理论，不符合的自动扬弃；人为的归类于五类，对于事实人为的取舍、归并使之与理论构架相符合。
商朝（约公元前1600年~约公元前1046年），到秦汉时期，大约1500多年。《易经》指夏代的《连山》、商代的《归藏》及周代的《周易》阴阳来源于易经，应该在夏代以前，夏代公元前2070~前1600年，阴阳五行应该在公元前2000年之前，就已经存在了。从阴阳五行的确立到《内经》，大约有1000年的时间，阴阳五行与五脏匹配具有充足的时间，正如系辞上八：【圣人有以见天下之赜，而拟诸其形容，象其物宜，是故谓之象。圣人有以见天下之动，而观其会通，以行其典礼，系辞焉以断其吉凶，是故谓之爻，言天下之至赜而不可恶也。言天下之至动而不可乱也。拟之而后言，议之而后动，拟议以成其变化。】所云：言说天下万物最繁杂的现象，不能妄自开口；言说天下万物最复杂的运动，不能胡言乱语。拟出卦象，然后言说，琢磨探求，然后行动，经过比拟和讨论，来把握万事万物的变化。
之所以这样归类，是经过反复比对，排列组合，与实际情况核实而得出来的，这时候的心，小肠，脾，五脏六腑的名称，就由日常用语转变为医学术语了！是一个医学概念，超出了日常用语的范畴！不单单是个实体器官，而且具有特定的功能！《素问·经脉别论》云：“饮入于胃，游溢精气，上输于脾，脾气散精，上归于肺，通调水道，下输膀胱，水精四布，五经并行，合于四时五脏阴阳，揆度以为常也。”中的脾，肺……不单单是祭祀用的祭品，也不是日常用语的可以食用的一块肉，而是一个医学概念，具有特定的功能！所以，科学概念，哲学概念，学术语言都是由日常用语转变来的，其方法就是取象比类，或者类比。
到了《内经》时代，十二官与五脏六腑匹配，五脏与五神匹配，五脏与四时匹配……散在于内经的各个章节……，之后的医学家反复验证，完善了脏腑理论，上世纪80年代，才出现了藏象学说！《内经》，把日常用语，哲学概念转变为中医学概念，这是一个质的转变。藏象，在《内经》时代已经出现，而“藏象学说”这个术语、概念是上个世纪80年代才出现的！
小结
殷商时期屠杀奴隶，得到脏腑实体的知识与名称。这时候的五脏六腑的名称是日常用语，没有医学含义。
五行配脏是古代祭祀活动与哲学家完成的；
《内经》五脏学说散在于不同章节心肝脾肺肾，由日常用语转变为学术用语，即医学概念，这是一个质的转变。
第二阶段 中医理论的发展。
《内经》之后，历代医家在此基础上进行发展、补充、注解，直至明清时期，中医脏腑学说趋于完善。
唐代孙思邈《千金要方》记述了五脏六腑的轻重、大小、长短、阔狭、容量等，将五脏、五时(春、夏、长夏、秋、冬)、五方(东、南、中、西、北)、五体(筋、脉、肉、皮、骨髓)等纳入五行的范畴，说明脏腑器官之间及与自然界的整体联系。对于杂病，则以五脏为中心，分列病证并阐述其证治方药。
宋代儿科学家钱乙，治病以五脏为纲，配合五腑(六腑除三焦外)、五官、五志等进行辨证，认为五脏的发病特点是心主惊、肝主风、脾主困、肺主喘、肾主虚，并对五脏为病的常见症状作了归纳，立法用药颇具匠心，对后世影响很深。金代张元素，以脏腑寒热虚实来分析病机，进行辨证治疗，并从补虚、泻实、温寒、清热几个方面提出常用方药，对脏腑辨证作出很大的贡献。
创立脏腑学说的医家是张元素(1131～1234年)，字洁古，金朝之易州（河北省易县军士村，今水口村）人，中医易水学派创始人。张氏对祖国医学的的最大贡献是在《内经》脏腑理论的启示下，结合自己数十年的临床经验，总结了以脏腑寒热虚实以言病机的学说（还没有阴阳），将脏腑的正常情况、疾病情况，把药物的使用与脏腑的标本寒热虚实的变化紧密地联系在一起，使脏脏辨证论治治形成了一个完整的体系。《脏腑标本虚实寒热用药式》就是这一体系的结晶，最能反映其学术观点。张元素以研究脏腑病机为中心，成为一派医家之开山。对于脾胃病的治疗方法成为易水学派师弟相传的家法，其弟子李东垣、王好古均为中国医学史上青史留名的人物。张元素的脏腑辨证说对中医学的发展作出了重要的贡献
元代朱震亨，字彦修（1281──1358年）在《格致余论•阳有余阴不足论》中，首次正面概况了肝的生理功能，提出“肝司疏泄”（主闭藏者肾也，司疏泄者肝也）。可见，肝主疏泄是在肝气郁结，肝火之后，提出来的。这个时候，还没有肝阴，肝阳之说。
李杲以脾胃理论，阐发内伤热中证，不落窠臼，独创新义，自成一家，形成了较系统的脾胃藏象理论，对后世医家薛己、张介宾、李中梓、叶桂等人产生巨大的影响。
薛己首创脾统血，薛已的脾胃理论渊源于《内经》，上承东垣之学。不仅认识到脾胃气血之本，而且从《内经》“脾裹血”引申发展，首创脾统血理论，指出：“血藏于脾土，故云脾统血”(薛己《妇人大全良方·月经不调方论第五》)。
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