一般认为自明朝万历年间西方科学及医学相继传入中国，才有了中、西医之分，中、西医经过了汇通、结合、融合三个阶段，这是一个连续的过程，经过将近400多年的历程，中西医融合已经到了水到渠成的阶段。中西医融合是必然发生、发展、完善的过程，时时刻刻都在自然地、潜移默化地进行着。
（一）中西医汇通
大约在明朝万历（1573—1619）年间，当时有意大利人利玛窦著《西国记法》传入国中，其中一部分是叙述神经学的，可称为西方医学传入我国第一部有关医学的书。天启元年（1621年）日尔曼人邓玉函来到我国澳门，作了第一次解剖术，继又译著成《人身说概》二卷，天启二年（1622年）意大利人罗雅谷来华，经澳门遍历绛州、开封、北京，译著《人身图说》。还有其他许多西方学者的著作，其中的一部分或者大部分涉及到医学。这一时期凡西方医学的解剖生理学、病理学、治疗学、药物学等，都逐渐渗入我国，开始中、西医汇通时代。王宏翰认为西人所谓水、风、火、土四元素说，与中国五行学说相似，便拿来与中医的太极阴阳之说加以汇通，还以胎生学阐发命门学说。王学权则认为《人身说概》、《人身图说》等著作中介绍的解剖学知识，可补中医学之不足，但也有不足之处，要“信其可信，阙其可疑”。在这一时期，张景岳的著作《类经》中所列“藏象专篇”有没有受到西方医学的影响，有待进一步考证，但是同时代稍晚时期的汪昂及金正希认同“脑主记忆说”无疑来源于西方医学，此后藏象学说不断受到西方医学的冲击。解放后，上世纪60年代在中医界曾经讨论过中医理论的核心是什么？老一代中医都知道《伤寒论》是中医的必修课，是中医的核心理论，但是，当时“西学中”的大多数学者意见认为：藏象学说、经络学说、阴阳学说等是中医理论的核心。在编写全国统一中医学教材时，确立了藏象学说为中医学的内核，藏象学说占据了中医学的统治地位，显然这受到了西医解剖学的影响。
19世纪中叶以后，西医大量传入中国 ，传教士的到来，西医书籍的翻译、建立西医学校、医院、吸收留学生，迅猛地冲击了中国的传统医学。面临这一严峻局面，中医界中出现了分化，一些人认为中医学已尽善尽美，毋须向别人学习；另一些人认为中医学一无是处，要全盘接受西医学的内容。中西汇通学派则认为中西医各有所长 ，必须吸取西医之长，为中医所用。但中西汇通派在具体认识和方法上也很不一致。
唐容川是中西医汇通派较早的代表，他认为中西医原理是相通的，中西汇通主要是用西医印证中医，从而证明中医并非不科学。即使西医的生理解剖学有自己的特点，但也超不出《内经》范围。因此虽然唐氏也说：“西医亦有所长，中医岂无所短”，但实际上并不能真正中西汇通。朱沛文认为中医“精于穷理，而拙于格物”，西医“专于格物，而短于穷理”。中医的弊病是玄虚，西医的弊病是僵固。在具体方法上他主张中西汇通要通其可通，存其互异。
中西医汇通派，是在近代中医学和中医界因西医传入而面临严重危机的时候产生的一个中医学术流派。他们为了振兴中医事业和维护执业中医的社会地位，主要与“废止中医派”展开了激烈的论争。汇通学派的队伍中，几乎都是谙练国术的中医名家，而缺乏精于西医的新型学者，更没有兼通中西的饱学之士。汇通派医家所接受并真正掌握的西医知识远远不是西医学的全貌，尽管当时的西医还处于较低的发展水平。他们著作中有关西医的记述，大多支离破碎，舛错百出。十分明显，在他们的知识结构中，西医之说不可能和师传庭训的中医妙术占有同样的比重，在他们的心目中，西医远没有取得与中医分庭抗礼的平等地位。
（二）中西医结合
建国初期，中央卫生部受“废止中医派”思想的影响，制定了轻视、歧视、限制中医的错误政策和措施，破坏了中西医的团结合作，给中医学的发展带来了严重危机。毛泽东对卫生部的错误进行了严厉的指责和批评，使之在1954年开始得到纠正。毛泽东的多次指示和批示，作为制定中西医结合方针的思想基础，一直指导着中西医结合事业的发展。西医学习中医的群众运动、中医参加医院工作、改进中医进修教育、创建中医研究院和中医学院、提倡中医带徒弟等措施，使中医学受到社会的广泛重视，中西医团结合作得以真正实现。
中西医结合学派的骨干是西医学习中医的医生，由于他们具有坚实的西医基础，而中医的基本理论工夫相对不足，他们以西医为参考系研究中医，以西医的方法理论研究中医，在中西医团结合作的基础上，除确立了辨病与辨证相结合的诊疗原则、推广了中西医综合疗法外，还在中西医结合临床研究和药物研究方面取得了一些重要大成就。如骨折和急腹症的中西医结合治疗、针刺麻醉的应用和原理研究、青蒿素的发现和成功提取等，都为世界所瞩目。
上世纪60年代在中医界曾经讨论过中医理论的核心是什么？老一代中医都知道《伤寒论》是中医的必修课，是中医的核心理论，但是，当时“西学中”的大多数学者意见认为：藏象学说、经络学说、阴阳学说等是中医理论的核心。在编写全国统一中医学教材时，确立了藏象学说为中医学的内核，藏象学说占据了中医学的统治地位，显然这受到了西医解剖学的影响。
20世纪80年代初，实验研究方法广泛应用于临床、理论、方药等各个方面。不断发展的现代科学理论和技术被及时引进中西医结合研究领域。开展了大规模的“证本质”的研究，最终没有结果。在这一阶段的中西医结合研究中，虽有大量的论文发表或交流，但像骨折、急腹症、针麻、青蒿素等能够引起世界医学界瞩目的科研成果却屈指可数。
中西医结合学派以西医为参考系研究中医，由于理论构架不同，概念体系不同，始终结而不合，表现在：1病证结合，西医的每一个病按照中医的理论进行了辨证研究，例如每一种感染病按照卫气营血进行了系统的研究，每一个内科疾病都按照脏腑辨证进行了研究，作到了尽善尽美，但是，因为西医不懂中医理论，西医仍然不会应用中医处方治疗疾病；2中药的实验研究，取得了重大成果，对主要的中药方剂都进行了详尽的实验研究，其药理作用、药物成分甚至于加减变化、配伍原理进行了深入透彻的研究，但是西医仍然不会应用，因为西医不懂中医理论，西医不知道用了之后会出现什么结果；3 证本质研究，截止上世纪末，对证本质研究已经进行了40多年，其基本思路是：“用现代医学理论阐明中医证的本质是实现中西医两种医学理论结合的基础”，或者“用现代科学对中医传统理论做全面改造”。而中医对于“病”与“证”没有一个明确的定义，换句话说，就是用现代医学或/和现代科学跨越两大或数个理论体系去阐释一个中医尚未确定的概念（证），并揭示这一概念的实质，跨越两大理论体系已非易事，而阐释的对象又是一个没有明确含义的概念，其难度可想而知，“40年来，中医证实质研究已将成百上千的实验数据摆在我们的面前，按照原定研究目标，这些不争气的数据给予我们的只是困惑和迷茫”。“40年来证本质研究未能取得根本突破的主要原因之一就是没有正确理论假说去指导实验”“现在大多数人体会到象西医那样用一两个特异的理化指标去判定中医的‘证’是不可能的。”这是20世纪末学术界的普遍看法。
如此艰巨而坚忍不懈的努力，出版了无数著作，并没有达到结合的目的，这是因为没有充分认识到中西医理论体系具有不可通约性，用西医为参考系研究中医，中医是个无理数。但是他们的努力是科学的，客观的，为中西医理论的融合奠定了科学的基础，没有他们的努力，理论体系的融合是不可能的。
（三）中西医融合
事实告诉我们，必须改变思路。我们经过40多年的研究，完成并连续发表了以下论文：
1，中医外感热病学与现代感染病学两大理论体系可相融性探讨。发表于：医学与哲学，1999,20（11）51-52
2．中西医融合与证态新概念。发表于：医学与哲学，2000，21（8）：50-51
3．参考系、证态概念体系与中西医融合。发表于：医学与哲学，2001，22（3）：51-52
4．系统论与中西医融合。（未发表）
5．多器官功能障碍综合征。（未发表）
6．热实结胸证实质再探讨。发表于：陕西中医，2000，21（3）141-142
7．浅论水电介质紊乱与中医外感热病学中相应证的融合。发表于：陕西中医，2001，22（3）：162-163
8．中医外感热病学中厥证实质的探讨。发表于：陕西中医2002年03期）
10．《伤寒论》中温阳化水法与水电介质紊乱。（未发表）
12．中医外感热病学中的神志异常与现代感染病学中意识障碍的融合。发表于：陕西中医，2002，23（6）524
13．《伤寒论》中的蓄血证。（未发表）
14．少阴柴胡汤证与肝、胆、胰系统感染。（未发表）
15．太阳经证、卫分证与前驱期的融合。（未发表）
16．气分证、少阴证、阳明证与急性典型期的融合。（未发表）
1999年11月在《医学与哲学》杂志51页上发表了“中医外感热病学与现代感染病学两大理论体系可相融性的探讨”的论文。这篇论文经过修改，收入2003年由第四军医大学出版社出版的《伤寒论现代解读》上篇概论中。这篇论文首先提出中西医融合的概念，实际上，我们是在基本完成以上16篇论文之后，才写出这篇论文的。而后相继发表了：“中西医融合与证态新概念”，“参考系、证态概念体系与中西医融合”等论文。
2000年2月28日经第四军医大学医药卫生科技查新站查新，其结论：综上所述，关于中医外感热病学与现代感染病学两大体系可相融性研究，国内未见他人有相同报道。关于本课题由外感热病学的证与感染病学中的病理状态相一致，提出的“证”与“病理状态”相结合的新概念——“证态”，国内也未见相同报道。在这个中介“证态理论”指导下，2003年我们在第四军医大学出版社出版了专著《伤寒论现代解读》29万字。
赵金铎著《中医证候鉴别诊断学》把温病与伤寒的证候归纳为135个证，邓铁涛《中医证候规范》把外感证候归纳为76个证，证态体系把六经辨证、卫气营血辨证、三焦辨证与感染病的疾病过程融合为统一的整体，揭示了证与证之间的内在联系，形成一个完整的理论体系。在这个理论体系内，中医的证可以通过相应的“证态”在西医的理论框架内流易，西医的病理状态也可以在中医的理论框架内流易，这样，西医根据病理状态的诊断通过相应的证态可以获得正确的中药方剂，中医可以借助证态体系使得“证”得到相应病理状态的客观指标以及详尽的治疗方案。在此基础上2006年我们的专著《中西医融合观》由陕西科技出版社出版，64万字。完成了中医外感热病学与现代感染病学两大理论体系的融合。证态体系在中西医融合理论层面上的意义是不言而喻的。
概念流易就是概念的运动与变化，就是概念与概念之间的关系，例如急性腹膜炎这个概念，其在感染病这个理论构架内流易就是指：①引起急性腹膜炎的原因，他的结局，临床表现；②他应当和哪些疾病或者病理状态相鉴别；③如何治疗等。再如热实结胸证，其在中医外感热病学中的流易就是指：①热实结胸证是由哪些证引起的，在什么情况下引起的，热实结胸证可能演变成什么证；②他应当和那些证相鉴别；③如何治疗等。热实结胸证与急性腹膜炎具有不可通约性，就是说西医对热实结胸证不知为何物，热实结胸证在西医感染病的理论构架内根本无法流易，同样，中医理论中没有急性腹膜炎这个概念，急性腹膜炎也不可能在中医外感热病学的理论构架内流易。“中西医融合”指的是中西医理论体系的融合，形成新的理论体系，通过这个中介，急性腹膜炎可以在中医外感热病学的理论构架内流易，热实结胸证也可以在西医感染病的理论构架内流易，实现诊断与治疗方面的统一，不再有中西医的区分。
经过论证：热实结胸证与急性腹膜炎是统一的，形成热实结胸-急性腹膜炎证态，在临床这个范围内二者可以相互代替，在对方的理论体系内流易，也就是说，在西医感染病的理论构架内凡是急性腹膜炎均可以用热实结胸证代替，在中医外感热病学的理论构架内凡是出现热实结胸证的地方都可以用急性腹膜炎代替，急性腹膜炎的诊断标准以及治疗方法就是热实结胸证的诊断标准与治疗方法。
以官方正式文件提出中西医融合的概念来源于：2007，1，11发布的中医药创新发展规划纲要(2006—2020年)战略目标。纲要提出，到2020年，中医药创新发展的总体目标包括：通过科技创新支撑中医药现代化发展，不断提高中医药对中国经济和社会发展的贡献率，巩固和加强中国在传统医药领域的优势地位；重点突破中医药传承和医学及生命科学创新发展的关键问题，争取成为中国科技走向世界的突破口之一；促进东西方医学优势互补、相互融合，为建立具有中国特色的新医药学奠定基础；应用全球科技资源推进中医药国际化进程，弘扬中华民族优秀文化，为人类卫生保健事业做出新贡献。
自此，中西医融合被普遍关注。2012第四军医大学出版社出版了《中西医融合观续》，运用证态理论对于痰饮、瘀血进行现代医学解读，围绕痰饮、瘀血论述气血津液-内环境的稳态、象态与证态，没有涉及气血津液、内环境的所有方面与问题。
虽然我们已经找到了中西医理论转换的中介——证态理论体系，这个理论已经解决了《伤寒论》与温病的转换，但是，《内经》是中医的理论基础，特别是藏象与经络被认为是中医理论的内核，这个问题不解决，中西医理论转换还不能成立。《中西医融合观续》气血津液-内环境象态及证态是解开经络藏象理论之谜的序幕、前奏、战前火力侦察。
象态概念来源于证态，因为中医的基础理论主要是从临床实践中反推出来的，我们首先确立了证态体系，由此引申出象态概念，象态是藏象经络理论与西医器官系统融合的原基概念，藏象经络-器官系统象态体系是中西医融合的终极目标。这就成了中西医融合的攻坚战。
我们已经出版了：《伤寒论现代解读》、《中西医融合观》、《中西医融合观续》三部书籍，解决了温病、伤寒、气血津液、痰饮、瘀血等与西医理论的融合，下一步是解决藏象经络与西医解剖、生理的融合，这是最困难，也是决定性的工作。有了前三本书的成功经验，下一步的工作一定能够成功。
《伤寒论》是中医临床学的鼻祖，是辨证论治的源头，《伤寒论现代解读》逐条进行了现代解读，成功的实现了中西医之间的沟通，这就为中医临床学的所有著作进行现代解读做出了范本、样板。
《中西医融合观》这本书主要解决了中医外感热病学与现代感染病学之间的融合，结束了中医寒温两派之间的长期对立，建立起外感染热病证态学，解决了温病学与现代感染病学的融合。
《中西医融合观续》主要解决了气血津液与内环境的融合，脾主运化与物质代谢的融合；痰证与炎症的融合，瘀血与血液凝固的融合，饮病与第三间隙积液的融合，水气病与水肿的融合等。解决了《金匮要略》中的大部分内容与西医的融合。
2019年，陕西科技出版社出版了《融合观（中西医融合观之三）》完成了哲学层次、基础理论层次、脏腑辨证、八纲辨证的中西医融合，最终实现了中西医两大理论体系的融合，这就是中国医学之梦。
至此，中西医理论体系的融合已经取得了突破性进展。
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