微生物的发现也仅是跟上了工具发展的步伐,人们在显微镜下发现的首先是相对较大的寄生虫,很久之后才是更小的细菌。1810至1830年间,著名的消色差透镜问世,此后不久人们就陆续发现了较大的寄生虫。1839年柏林临床医生约翰·卢卡斯·舍恩莱因(Johann Lucas Sch?nlein,1793–1864)找出了黄癣的病因,1842年他的助手雷马克用舍恩莱因发现的微生物使自己患上了这种疾病。很快人们逐渐检出了其他的皮肤寄生虫,同时也发现了现知与曲霉病和放线菌病有关的真菌。这期间,意大利医生阿戈斯蒂诺·巴锡(Agostino Bassi,1773–1856)已明确显示了某些微生物与蚕僵病之间的因果关系(1837),并预言天花、鼠疫、梅毒和其他人类疾病的致病菌来源于动植物。
德国的亨勒立即认可了巴锡工作的重要性,别的许多地区也同样迅速地接受了他的理念。事实上,关于疾病微生物传染的意见不断涌现,其速度之快令亨勒感到必须对大量累积的推测设定一些限制,尽管他曾预言微生物学将为病理学中许多晦暗的领域带来病因学的光明。在著名论文《论瘴毒与传染》(On Miasms and Contagion,1840)中,他制定了微生物与疾病之间病因关系成立的基本条件,后来科赫将此拓展为细菌学的基本法则。亨勒总体上强调了(1)须证明某种疾病与其假定的病原寄生物恒定相关,且该寄生物不存在于其他疾病中;(2)须能获取该寄生物并将其与其他微生物分离;以及最后(3)须证明分离出的病菌具有致病力。他还做了很多工作以控制人们对新近发现的病菌的滥用,这种情况当时已经在发生。
此后不久就有一种疾病满足了以上大部分条件,其发现者是卡西米尔·戴维恩(Casimir Davaine)。1850年他在一头死于炭疽病的绵羊血液里观察到一种特殊的微小杆状物,并进行了记录,当时他对此并不怎么重视,直到巴斯德关于微生物发酵的观点发表之后,他才于1863年以极大的热情重新回到了这一主题上。戴维恩很快证明,通过接种患病动物的血液,即便已经稀释了一百万倍,该疾病也能够从患病动物传到健康动物,而接种来自另一健康动物的不含前述小杆状物的血液则无法传染这一疾病。炭疽致病菌作为最大的细菌之一,在细菌学起步阶段屡次推动其发展,巴斯德与科赫都发表了有关它的重要著作。