生命系统的确认（2）— 后现代理论医学对基因理论的再认识

杨鸿智

生命系统的确认（2）— 后现代理论医学对基因理论的再认识
第129篇  生命系统的确认（2）— 对基因理论的再认识《目录》
作者：
中国医药信息学会北京分会后现代理论医学专业委员会主任委员杨鸿智
第130篇  “中心法则”的局限性
第131篇  基因理论存在的问题
第132篇  一些科学家对基因理论的评价
第133篇  埃里加·沃尔德《基因神话揭谜》摘录
第134篇  从病毒是否具有生命的讨论，看基因在生命系统中的位置
第135篇  从癌发生的“基因突变”理论看基因理论的局限性
第136篇  “人类基因组计划”的由来
第137篇  “人类基因组计划”的内容和进行情况
第138篇  “人类基因组计划”向我们承诺什么？
第139篇  “人类基因组计划”的承诺能够实现吗？
第140篇  基因治疗的现状和存在的问题
第141篇  对基因理论的反思
《论坛反应与交流》
《凯迪社区 → 健康社会》
杨雪：杨鸿智老师发布的信息，学术性太强，很多内容看不懂，慢慢学习吧！
杨鸿智：感觉看不懂,是学习和进步的开始.这也算是好事吧.这样总比那些不懂装懂,目空一切,妄自尊大的人要好.我们进入论坛的目的,一个是宣传自己,另一个是学习别人.这样都是有收获的.
欧阳飞飞：我哙也不想说，慢慢看吧！！期待中。

杨鸿智

第130篇  “中心法则”的局限性
作者：
中国医药信息学会北京分会后现代理论医学专业委员会主任委员杨鸿智
yanggates.51.net

在了解到生命是一个复杂系统，生命分成不同的物质层次和子系统，每一个层次和子系统都哟自己的特殊的基本结构以后，在了解到后现代医学理论已经将现代医学的细胞理论吸收到自己的理论体系之中，承认细胞是生命系统中一个重要的基本结构以后，一些专业人员一定会提醒我们不要忘记了基因。基因是生命的基本结构。本小节的内容就是说明基因是否也像细胞一样是生命的基本结构。以及基因理论给生命的系统概念补充、增加了哪些内容。
什么是基因理论呢？基因理论认为，生命的最基本的物质是核酸，是DNA。核酸的功能实际很简单，很单一。就是负责生产蛋白质。蛋白质具有各种物理学和化学的性质。这些性质形成各种生物的各种性状。这样，基因理论为我们描述了这样的一幅生命的图景：直接表现生物性状和功能的是蛋白质，而蛋白质是由核酸产生出来的。这实际上很像一个“前店后厂”的模式。前面，蛋白质是店面的商品，后面，核酸是生产蛋白质的工厂，机器。
基因理论有三个方面的基本内容：
第一个内容是核酸的结构功能。即核酸中有由四种碱基组成的64个遗传密码，能够生成20种氨基酸，最后，由这20种氨基酸排列组合成各种蛋白质。
第二个内容是“中心法则”。即生物信息是指从核酸生产蛋白质的信息。生物信息传播的路径是：
DNA——RNA——蛋白质
而且特别强调的是，这个信息只能是从DNA出发，到蛋白质结束。DNA是中心，是生命的起点。
沃森和克里克最初发现DNA双螺旋结构的时候，基因理论主要是这两条内容。这个理论中一个最明显的缺点是没有说明DNA是怎样产生的。如果不能说明DNA的来源，这个理论就是不完整的。即使我们不会相信DNA是上帝创造的，但是，起码表明基因并不能说明生命的起源。这样，人们对“最初的生命就是核酸”的命题就是不能接受的。后来，卢里亚的研究证明，基因是可以突变的。而且这个突变是自发的和随机的。这一条可以解释从现在基因向以后新基因转化的途径问题。但是，这还是不能第一个生命的核酸是如何产生的。
后现代医学理论所遇到的最大的困难，可能就是人们对现代医学先进性的崇拜。现代医学目前已经成为现代科学技术的模板，特别是现代医学中的基因理论，在人类基因组计划取得初步成功之后，不仅是社会公众，就是大多数专业研究人员，也对基因理论的正确性坚信不移，目前，大家并不需要什么比基因理论更正确的理论，大家只是期待着基因理论使人类从疾病折磨中彻底解放的那一天早日到来。人们的这种心情是可以理解的，但是，作为医学研究机构的上层主管，却应该有比社会公众更清醒的头脑。我们应该认识到，基因问题搞清，肯定会在基因这个层次上解决一些重要的医学问题，但是，基因层次问题的解决并不不是全部生命问题的解决，而我们说基因理论有错误不是说基因理论不能解决基因层次的问题，而是说，基因理论扩大了自己的权力范围，自以为能够解决全部生命的问题。从以上分析可以看出在现代医学和后现代医学两个医学发展阶段相互交替的重要时刻，如何认识基因理论成为焦点问题。

杨鸿智

第131篇  基因理论存在的问题
作者：
中国医药信息学会北京分会后现代理论医学专业委员会主任委员杨鸿智
yanggates.51.net
基因理论建立之后，还原论思想取得了巨大的胜利；生命就是基因。基因理论已经揭开了生命之谜的乐观信念深入人心。虽然与此同时，机械论，还原论思想在西方发达国家的思想界和科学界正在遭到越来越认真，越来越强烈的批判。然而，在基因理论这个问题上，虽然也受到批评，但相比之下，批评是轻微的。也许人们宁愿看着基因理论继续发展和持续下去。因为这个理论给人们带来的精神安慰和希望是太巨大，太可贵了。
一  基因数不断扩大
当然，不管人们的态度如何，基因理论在建立之后的发展中很快就遇到许多否定的问题。第一个遇到的问题是，决定某一种生物性状的基因数不断扩大。原来人们头脑中的印象是一个基因决定一种蛋白，决定一种性状。可是后来的研究发现，某一性状并不由单一基因决定的，而是由多个基因决定的，比如我国的基因专家顾健人院士，在研究中发现有7种癌基因和相关基因与肝癌的发病有关，这在思想观念上是一个大的突破，打破了单一基因决定某种性状的旧框框。为此，顾健人院士在国际上首次提出了“基因谱”的概念。即某性状可能不是由单一基因决定的，而是由一个家族，集团基因所决定，这个家族或集团，可写成一个“基因谱”。后来的研究又有进展，在癌基因研究中发现，有时是几十个基因，甚至上百个基因决定某个性状的产生。为此，顾健人院士又将基因谱的概念，扩大为“基因阵”的概念，认为癌基因阵中，应该有主次，有配合，它是人体肿瘤多病因，多阶段表现的内在原因。辩证法告诉我们，量变引起质变。如果确实一个基因决定一个性状，那么，人们是不可能不承认基因的决定作用的。如果是几十个，甚至上百个基因才能决定一个性状，那幺，这种决定意义在人们的心目中已经与原来的概念发生了本质的改变，在文明社会中每一个公民都有决定国家事务的权力，但你那一份权力与总统那一份权力有可比性吗？
二  垃圾基因
第二个问题，原来经典的基因理论认为，基因的唯一功能就是蛋白质的合成。但是后来的研究发现相当多基因与蛋白质合成无直接关系。只是在控制、调节蛋白质合成基因的功能，故可以给这部分基因命名为“调节基因”或“功能基因”。而更令人惊讶的问题是，最近人类基因组工程第一阶段工作结束，人类基因组图谱草图正式公布。该图谱表明与蛋白质合成有关的基因只占基因总数的2%，另外98%的基因是一部分功能基因、调节基因，而绝大多数基因是我们目前尚不了解其作用的“垃圾基因”。基因理论之所以成立，是因为基因决定性状这一概念。但如果与这一概念有关的基因只占全部基因的2%，这个太小的数字不得不使我们想到基因的主要作用不是生产蛋白质，或蛋白质生产并不是生命的最主要的特征。而这最终使我们对“生命就是基因”这一论断的信奉大打折扣。因为我们这一信仰的正确率只有2%的可能性。你不可能要求人们安于2%的可能生而不去追问98%是什幺。
三  逆转录
第三个问题是“逆转录”问题。逆转录问题的发现，说明在生物系统中，由DNA决定蛋白质的信息传导过程不是唯一的。还存在着由RNA——DNA的过程，甚至有蛋白质——RNA——DNA的过程。如果这些过程存在，那么说DNA是基因，是生命的最基本结构就肯定是不正确的了。
四  基因不应该称为“基本的生命物质”
第四个问题，是从生命运动的主要内容来看，按照后现代科学的理论，生命除了在结构上应是一个系统外，它在功能上就是能够抵抗无机界的热力学第二定律，能够长时间地保持自己结构的稳定性和功能的稳定性。能够做到这一点的就是“活”的物质，不能做到这一点的，就是死的物质。这是生命与非生命相区别的关键问题。那么生命系统是如何保持远离死亡的这种稳定状态呢？这就是因为生命系统可以不断从外界环境吸收物质和能量。研究证明，这些物质和能量不是直接从环境中得到的。从环境中得到的是能够制造这些东西的原料，经过生命体自身的加工，才成为生命体真正可以利用的物质和能量。为了完成这一摄取和加工过程，机体必须要有一套复杂的中间结构。这样，所谓生命物质应该是这样的一个复杂结构，其中包括所谓的‘生命物质’，如DNA，还包括负责从环境摄取原料，加工制造的辅助结构。这些经典概念的“生命物质”与为摄取物质和能量而起作用的辅助结构总合在一起所形成的复杂系统，就被称为“生命”、“生命体”，或“生命物质”。所以，后现代科学所说的生命物质，是指这样的一个物质系统，而其中的任何组成部分都不能单独命名为基本的生命物质，不论这个组成部分在生命系统中负责什么功能。从这里可以知道，作为携带遗传信息的DNA，不应该称为“基本的生命物质”。用后现代科学的理论来看，不存在具有生命的简单物质。DNA是一个大分子。但却是一个单纯的，简单物质。它自己无法从环境中获得物质和能量，所以，单独的DNA，无法在自然界中存在和生存下去。DNA只能活在细胞中，和细胞一起生活。科学史上还有一件事，可以作为旁证材料，提示人们，DNA不是最基本的生命物质。这件事就是关于病毒是否具有生命的争论。一派人认为，病毒是生命的一种结构，另一派人认为病毒不属于生命物质，因为病毒离开细胞生命时，并不表现出任何生命活动。这个问题的争论最后在没有结论的情况下搁置起来。为什么？因为人们没有对生命物质正确的定义、概念。现在，后现代科学的系统理论给生命以新的定义、概念、这使人们对基因及病毒的本质，都有了深刻的认识。
五  结论
通过对于基因理论的再认识，我们知道，基因只是一个简单结构，它自身无法体现生命功能，必须与一系列辅助结构组合在一起才能达到从环境吸收物质和能量，而这个系统就是细胞结构。细胞是能够从环境摄取物质和能量的最简单系统，是生命的基本结构。当然，这个基本结构本身已经是一个系统，而这个系统又是更高级更复杂生命系统的组成部分。总之，生命是复杂系统，任何简单物质都不可能是生命的基本结构。

杨鸿智

第132篇  一些科学家对基因理论的评价
作者：
中国医药信息学会北京分会后现代理论医学专业委员会主任委员杨鸿智
yanggates.51.net
在伟大的基因理论面前，我自己已经感觉到无限的眇小，我知道，我的分析是无足轻重的，不可能引起人们对基因理论错误，缺点的注意，下面我想引用一些科学名人对基因理论的评价，我想，这或许能引起研究者的注意。
一  沃森
DNA双螺旋结构发现者之一的沃森在《基因的分子生物学》一书中写道：
“……（生命）是如何发生的，仍然是个秘密。特别令人迷惑的是怎样会出现遗传密码和蛋白质合成的各种机构。”“卵裂本身当然并不能导致胚胎的发育，真正的精髓却是细胞分化过程。所有的高等动植物都是由大量不同的细胞类型（如神经细胞、肌肉细胞、甲状腺细胞、血细胞等）建成的。在某些生物中转化过程开始于受精后最初几次细胞分裂。其它生物中后裔细胞在确定其命运之前，要经过大量的细胞分裂，然而，不管其分化发生的精确时间如何，结果常常是亲代的细胞转化成大量形态不同的后裔细胞。……我们必定会问是什幺东西不仅使两个后裔细胞合成不同的蛋白质，而且使它们各自连续合成相同一类蛋白质？很清楚，对于用这种方式所表达的问题永远也不会有人能研究出任何一种高等劝植物胚胎发育的全部化学细节。”
二  享德莱
另一位美国著名的分子生物学家P·享德莱在其主编的《生物学与人类的未来》一书中写道：
“虽然对于发育反应的全部节目以之为基础的遗传基础和细胞内的机构的了解是很重要的，即使最圆满地了解到基因细菌细包中的作用，仍旧不能完全阐明一切细胞、组织和复杂有机体的发育。什幺东西导致受精卵进行分裂，并且产出子细胞？它们又变是像骨骼和肌肉？血液和神经那样地不同？”“就象我们已经了解了DNA酶的机制，膜与神经传导，这些仍然不能使我们预见到会有蝴蝶、兰花或海豚，更不用说人类了。”

三  李政道
诺贝尔奖得主，李政道博士在他为《21世纪100个科学难题》一书所写的导言：《展望21世纪科学发展前景》一文中写道：
“在整整100年前汤姆逊发现电子，从那以后，影响了我们这世纪的物理思想。即大的是由小的组成的，小的是由更小的组成。找到了最基本的粒子，就知道最大的构造。这个思想不仅影响到物理，还影响到本世纪生物学的发展。要知道生命，就应研究它的基因，知道基因就可能会知道生命。我们现在发现并不然。小的粒子是在很广泛的真空里，而真空很复杂，是个凝聚态，是有构造的，也就是微观的粒子和宏观的真空是分不开的。这两个必须同时处理。知道基本粒子就知道真空的概念是不对的。从这个简单化的观点出发，不会有暗物质，也不会有类星体这东西。我觉得基因组也是这样，仅是基因并不能解开生命之谜，生命是宏观的。”
四  钱学森
钱学森关于基因问题的论述。该论述发表在钱学森的著作《人体科学与现代科技发展纵横观》，第360页；
“当听说今天讲解的题目是基因工程时，我脑了里就出现了个问题，就是：基因工程与我们所的任务是怎幺一个关系？我们所工作总方向给我们的任务是：人——机——环境系统工程。我想基因工程跟人——机——环境系统工程是怎幺一个关系？今天报告人也作了一点回答。他讲到基因工程与人体科学的关系。基因工程考虑的问题原来是从基因的脱氧核糖核酸这方面来考虑的。所以它一下子就到了微观领域。我 说人体科学的问题，人——机——环境系统工程的问题，这都是宏观的问题。那幺基因的变化到宏观效果，这里头远得很，是错综复杂的。报告人讲了，现在的研究要证明基因客观存在环境的影响后才表现出来，环境又是个宏观的东西。它影响的是集体的，整体的东西，这里的关系并不是一对一的。好象基因动一下就有一个效果，恐怕不是这样。要复杂得多。也不是说基因工程是微观的。而我们需要解决的问题是宏观。从微观到宏观这里边复杂得很。也就是局部跟整体的关系。刚才在显示上，有一个叫多基因工程图，上面有一个现阶段的问题的第四点就讲到了这一点。那问题很困难，就是说你要采取一个措施，找出影响微观的因素，在宏观上是个什幺结果，假设这个问题你没搞清楚，那幺你微观的那些措施就不好下决心。我觉得这个问题值得我们大家这儿搞清楚，不要认为这儿听了基因工程，啊呀！了不起，可以改变人的根本的东西，困难。”
五  盖尔曼
诺贝尔奖得主M·盖尔曼在其著作《夸克与美洲豹》一书中有关论述：
“用较低层次的理论来解释较高层次的现象过程，通常被称为还原。我没听说过哪个严肃的科学家相信，存在着不是起源于基本物理力的特殊的化学力。虽然一些化学家可能不喜欢这幺说，但事实的确如此。从理论上讲，化学可以从基本粒子物理学导出。从这意义上说，我们都是还原主义者。至少在物理和化学方面如此。但在允许化学现象发生的特定条件下，化学比基本粒子物理更特殊这一事实，意味着为了导出化学定律，哪怕在理论上导出必须将那些特殊条件的信息代入基本粒子物理过程。没有这一思想，还原的概念就是不完善的。所有这些给我们的启示是，尽管各门科学占据着不同的层次，但它们都是一个联合整体的一部分。那个整体结构的统一性通过各部分之间的联系而得以巩固。位于某一层欠上的科学涵盖了位于较上层的不那幺基本的科学的定律。但是，后者由于更特殊，因而除了前者的定律之外，还需要更多的信息。在每一层次上，都有一些对本层次非常重要的定律有待发现。科学工作不仅包括研究各个层次上的那些定律，同时还要从上而下及由下向上在它们之间建构阶梯。处于等级中另一层次的生物学与物理学和化学之间的关系如何呢？当今还有哪一严肃的科学家会象过去几个世纪中常见那样，相信生物学中存在着不源于物理——化学的特殊活力？如果有，那也是极少数。我们中间几乎所有的人都认为在理论上，生命依赖于物理学和化学定律。就象化学定律依赖于物理学那样。从这一意义来说，我们又成了一种还原主义者。然而象化学一样，生物学依然非常值得按其自身条件，在其自身层次上来进行研究。尽管阶梯的建构工作仍在进行。即使基本的地球生命化学与历史关系不大的，生物学中也仍然存在着巨大的有效复杂性，远远大于诸如化学或凝聚态物理这类学科中有效复杂性。想想自地球上生命产生以来40亿年左右的时间里，有多幺巨大数量的进化性是由偶然事件引起的！那些偶然事件中的一些（也许只是很小的一部分，但绝对数量仍然很大），在这一星球上的生命之后续历史中，及对生物圈中生命之形式之丰富多彩的特点，起着重要作用。生物学定律确实依赖于物理学和化学定律，但它们还取决于大量由偶然事件产生的附加信息。这里，你可能会发现，在理论上可能进行的那种到物理学基本定律的还原。与一个缺乏经验的读者所理解的还原一词之间，存在着很大差别。而且这种差别远远大于从核物理、凝聚态物理或化学到基本物理学的还原的情形。生物科学远比基本物理学复杂，因为地球生物学的许多定律不仅与基本定律有关，而且还与大量偶然事件有关。”（第112-115页）

六  小结：需要有一个思维方式的改变
面对生命运动的复杂性，自然科学家分成两大派别。一派认为生命有其超自然的特殊活力，此派被称为“活力论”。另一派则认为生命做为物质的一个种类其根本规律仍旧应该是物理的和化学的。生命的复杂运动终究会还原成某种简单的物理的或化学的运动。这一派可称为“还原论”。沃森，享德莱这些科学家没有盲目地站在哪一派别，而是清醒地认为，目前的基因理论尚未揭示出生命的根本规律。而且特别重要的是，在研究的思想方法中可能存在某种问题。也就是说要解决生命的本质问题，还需要有一种新思维方法。同时也还需要在自然科学中有进一步新发现，新的突破。如沃森在同一本书中写道：
“人们往往预计，在了解生命的本质之前，一定会发现一些就象细胞理论或进化论一样重要的自然规律。”“曾几何时，某些生物学家总觉得——如果不是希望的话——生物学之所以和悲凉的、无生气的化学实验室不同，除了复杂性和大小之外，还有某些更为基本的不同。”
享德莱则进一步明确指出急需的这个理论是一种哲学。他在前面提到的那本书中写道：
“哲学还没有消化生物学者对生活自然界的看法，从唯生论与宿命论的想法上解脱出来。但是随着化学与进化生物学的飞跃进展之后，有一天必然会产生科学的新哲学。主要是根据生物学的发现，而不是物理学的发现。”
基因理论的第一代创始者就已经发现单靠基因理论本身是不能解决生命的根本性问题的。还需要有一个思维方式的改变，还要有一个不同于现行思维方式的一般哲学类的理论，基因理论只有在那个新理论的框架中才能发挥应有的作用。而且他们做了预言，这个哲学是“科学的”哲学，而且，这个“科学”不是物理学，也不是化学，而是“生物学”。事实上，正当他们在那里预言的时候，这个科学的哲学正好刚刚产生，这就是奥利生物学家贝塔朗菲所提出的一般系统论。虽然到现在，在系统论已经面世半个世纪之后，大多数生命科学研究人员仍不能理解和接受系统理论，但是我们相信，这段拒绝的时间，已经所剩不多了。不过从某种意义上说，这半个世纪的时间使我们更加惊叹这些老一代科学家们的预言是多么的准确！新出现的理论的确是科学的哲学，这个科学的确是生物学！
目前存在的问题是虽然在理论的讨论中有两派意见，而在生物学和医学的科研实践中却只有还原论派在行动。而系统论派只保持在理论上，口头上，没有实践表现，这有个历史的原因，因为系统理论有一个产生，发展的时间过程，现在，经过半个世纪的发展，宣传、壮大，我认为，系统理论已经有可能转化成生物医学的科研实践。而我现在所提出的后现代医学理论，正是一个将系统理论转化成科研和临床实践的具体实施方案。我是属于系统论派的，但我并不反对基因研究，我认为，基因层次规律的阐释，对系统理论的发挥能起到支持作用、问题不在于是否进行基因研究，关键是要把基因研究的成果纳入系统论的理论体系，而不是还原论体系。因此，我国生物界和医学界可参与和继续进行基因研究，但是这时我们应该有一个清醒的认识，即，我国在此项研究中并不占有优势，从历史上看，西方发达国家是基因研究的发源地，我们是后来者，小学生，从经济条件来讲，我国更无法与西方发达国家竞争，我国虽然参与了人类基因组计划中1%的测序任务，但这并不表明我国是基因研究的大国，正如这个“1%”的数字所显示的，我们如何用1%与99%去竞争呢？参与这项研究工作，使我国学术界能紧跟国际先进水平，这当然是重要的，但是，只要不能超过西方发达国家的研究水平，我们就得不到基因研究所带来的社会效益和经济效益。如果我国生物医学研究的高层决策者能认识到这个事实，那么就应该在实践中调整我们的基因研究策略，最重要的调整就是应该把 我国的一部分研究力量转移到系统理论的研究上去，转移到后现代医学理论和临床的研究中去。这是一个重要的战略的转移。首先，目前世界上后现代医学研究尚属空白，我们现在能够开始研究，那幺我们就是首创，我们就有了自主知识产权，几百年来，在生物医学领域，我们一直学习西方，现在终于有了机会，我国可以早于西方在后现代医学研究中起步，西方在现代医学时代是先进的一方，但这个先进将成为西方的袍袱，西方舍不得停止他们在还原论方向上的前进势头，因为他们已经投入了太多的人力和财力。另外，还有一个非常具体的情况，即基因研究事实上只是涉及少数人的研究工作，我国的大部分医务工作者，没有机会介入基因研究，那幺，我们为什幺只让这些人当旁观者而不让他们参加到一项有意义，能参与的事

杨鸿智

《论坛反应与交流》
《中国生物论坛社区 →遗传学与发育生物学》
Cellxhm：还有吗?我还想再学习一点知识!
《中国生命科学论坛 → 学术争鸣与创新园地 》
蛋白艺术：有点意思
《中国生命科学论坛 → 传统医学与系统医学》
Lovetcm：什么是科学？科学是不断接近真理，而不是一步就达到真理。基因组计划远远没有实现预计的目标，这是太正常了。因为科学不断进步，人类的认识不断进步，基因组计划的内涵远远比前几年丰富得多，也更有价值，更接近真理。你说的道理犯了科学中最大一个毛病，急于求成。这不是科学，而是反科学。即使现在研究的一切都是错误了，也需要继续研究，因为科学是不断通过证伪而接近真理。你提的理论太粗象了，并没有任何实际应用价值。
杨鸿智：
首先感谢这位网友对于这里文章的关注。
信仰科学或者自己进行科学研究工作的人，一般都是唯物主义者，认为任何物质都有自己的一个确切的规律。如果我们现在还不知道这些规律，是因为我们的研究还不到位，即工夫和时间都不到位。只要花了工夫和时间，所有物质的规律我们人类是一定能够发现的。
上面的网友就是这个意见。我首先表态，如果站在现代科学的立场看，他的话是完全正确的。但是，我这里要说的是，事情有了一点变化：
科学本身并不是一个不变的东西，科学也在发展变化。20世纪已经过去了。20世纪的一个人所共知的事情是量子力学证明对于高速微观的物质运动来说，速度和位置不能够同时准确测量，这叫“测不准原理”。后来，系统论和复杂理论进一步明确，对于一个复杂系统来讲，不存在确定不变的规律，复杂系统的运动发展是有时间箭头的，就是说，在不同的时间和空间都会有不同的规律表现。这样，与现代科学中原来所公认的“可重复原理”和“可证伪原理”比较，复杂系统是不可重复的，不可证伪的。但是，这并不是说复杂系统理论就不是科学。只不过是科学发展到一个新的阶段。现在，国外后现代派的科学家把这个阶段称为“后现代科学”。
有了上面的知识以后，我们就知道，现在已经有两种科学观点了。如果不是用现代科学的观点，而是用后现代科学的观点，就会有新的认识。在这些新知识中，除了对于复杂系统运动的知识以外，还有对于现代科学本身的认识。后现代科学认为现代科学所说的物质一定有一个确切的运动规律，我们只要花时间和工夫一定会发现这些规律的思想叫做“决定论”思想。
上面网友所表现的就是典型的“决定论”思想。
现在，世界科学界对于现代科学“决定论”思想的认识和批评已经不是什么新闻了，但是，这个问题在我国却完全不被接受。我们的科学工作者在这样的批评中，却高举着“决定论”思想的大旗奋勇前进。把为此而付出的代价叫做缴学费。当然，事情的存在都是有原因的，这个原因就是我们正在补现代化的课。但是，也许有一天，我们真的实现了现代化的时候，我不知道那时候我们会是什么心情。因为，当我们实现现代化的时候，也该是现在的现代化国家实现后现代化的时候吧。那时候我们会发现我们仍旧是落在人家的后面。
下面我把前面提到的几个问题的论述再具体说明，方便网友学习交流。
一  判断是否科学的标准——“可重复性原理”和“实证科学”
“可重复性原理”是判断一个事物是否科学的标准。但是，这只是机械论科学识别自身的一个标准而已。后现代科学中的量子理论早已经证明，在微观高速运动的系统中运动质点的速度和位置不可能同时准确测量。这就是量子理论中的“测不准原理”。后来的系统理论更是明确指出，对于复杂系统来讲，它的一个特点就是事件的“不可重复性”。“测不准原理”已经有100年历史了，“不可重复性原理”也已经有50年历史了。现许多人仍旧用“可重复性原理”来作为是否科学的标准只能有两个作用：
1 说明自己无知。
2 表明自己是机械论科学。
<可重复”和“不可重复”都可能是科学的”>。但是要明确：
1 "可重复"是机械论水平,
2 “不可重复”是系统论水平,
3 机械论水平的科学不能解决复杂系统问题.
现代医学是机械论的实证科学,它研究的是具体事件,这些事件是线性因果关系.所以,现代医学要根据实验检查得出与疾病相关的因果关系,这是现代医学的诊断方法.也就是说,现代医学诊断的是具体的微观的事件.而后现代理论医学所研究的是生命这个复杂事物的宏观发展方向,它根据现代医学的微观具体检查结果并不得出一个具体的线性结论,而是得出一个疾病发展方向的预测.当然,后现代理论医学之所以可以做到这一点,还需要系统论这个理论工具,比如,一个患者的临床症状是发热,咳嗽和轻度贫血,你按照现代医学的方法可能会诊断为病毒性感冒.但是,按照后现代理论医学的方法,我们除了诊断感冒以外,还可能预测可能会出现多脏器功能衰竭.因为我们会想到,病毒进入人体后会抑制免疫系统,特别是单核巨噬系统,这样,肺,肝和肠免疫屏障受损,肺的受损引起咳嗽,但是肝和肠的受损先是看不到临床表现.但是,这会使肠道内毒素入血,形成肠源性内毒素血症,进而发生多脏器功能衰竭.这不只是"多想了几个问题"关键是你为什么会想,为什么你相信这些"想象"的东西可以存在,这就需要一个思想方法,这个思想方法就是系统论.治疗也是一样.后现代理论医学不追求具体的立杆见影的治疗方法,而是用支持干细胞再生,用体内原位的干细胞来修补组织的损伤.这不只是一个具体方法问题,这需要我们相信体内的干细胞在得到我们所给予的物质和能量以后会去完成这个任务.这需要知道系统理论中的耗散结构理论

杨鸿智

二  决定论
   
机械论认为现在搞不清的事情，只要坚持搞下去，就一定能够搞清楚。这就是机械论中的一个原理，这个原理叫做：“决定论”，桔梗不理解还有不能被人预先决定的复杂系统存在， 在他表述只有“实证的量化的科学”概念的同时，已经确定无疑地表明自己是一个决定论的机械论者。下面把“决定论”概念做一个介绍：
决定论
牛顿经典力学是近代科学成就的顶峰，他采用机械观的视角，运用一套严谨的数学理论来描述世界。牛顿把以培根为代表的经验的，归纳的方法，与以笛卡儿为代表的理性的、演绎的方法结合起来，把开普勒的行星运动经验公式与伽利略的自由落体定律结合起来，总结出一切天体都有效的物体运动一般规律，这就使牛顿的宇宙成为一个庞大的按精确的数学规律运转着的机械系统。因此，机械观同严格的决定论紧密相关，巨大的宇宙机器完全具有因果性和决定性；一切发生的事情均有原因，并导致确定的结果。换言之，一切东西都可以精确地解释和预言。
牛顿力学体系，以它的严密逻辑性和精美定量性，反映了它的正确和完善。对天体和地球上物质的力学运动给出了完整一致的解释，为建立统一的物质运动的宇宙观作出了伟大的贡献。但是，西方科学的伟大奠基者们都强调自然定律的普适性和永恒性。他们寻求包罗万象的图式，普适的统一框架。在这些框架中，所有存在的事物都可以被表明是系统地，即逻辑地或因果地相联系着的。他们寻求广泛的结构，这些结构中不应为“自然发生”或“自动发展”留下空隙。在那里所发生的一切，都应至少在原则上完全可以用不变的普遍定律来解释。牛顿科学的雄心就是提供一幅自然图景，该图景是普适的，决定论的，并且是客观的、完备的，似乎已经达到了应有尽有无所不知的地步了。近代经典科学以为已经发现了自然界变化的核心处的永恒规律。
决定论是同非决定论对立的理论。它承认因果关系的客观性、必然性、普遍性，是不依人们的意志为转移的规律性。牛顿力学体系把这种唯物主义决定伦机械化绝对化、凝固化，只承认因果必然性，否认任何例外偶然性。按照机械决定论者的观点，给定一个微分议程，给定一个初始条件，就能决定过去或今后发生的一切。排除了任何偶然性、特殊性、复杂性的可能。这显然是片面的、错误的。法国著名数学家、物理学家、天文学家拉普拉斯学派，19世纪初把牛顿的纲领，即把一切物理化学现象归结为力的作用，变成了自己的正式纲领。当拿破仑统治欧洲的时候，这个学派统治了科学界。拉普拉斯把机械决定伦推向了极端：他能在任意给定的瞬间观察组成宇宙各部分的每一物体的位置和速度，并能推断出该物体的所有变化，无论是向着过去的，还是向着未来的变化。拉普拉斯认为世界的面貌是由它一开始就决定了的，现在的物质状态是由过去的机械状态所决定，以后的状态又是由现在的状态所决定。自然界的全部发展过程是一条决定性的因果链。用形象化的语言表示那就是：自然界没有飞跃，没有偏向，没有波折，永远按同一轨道平铺来去。恩格斯在1886年曾经这样评论说：“上一世纪的唯物主义主要是机械唯物主义，因为那时在所有自然科学中达到某种完善地步的只有力学。而且只有刚体（天空和地上的）力学。简言之，即重量的力学。这是法国古典唯物主义的一个特有的，但在当是不可避免的局限性。”“这种唯物主义的第二个特有的局限性在于：它不能把世界理解为一种过程，理解为一种处在不断的历史发展中的物质。这是同当时的自然科学状况，以及与此相联系的形而上学的即反辩证法的哲学思维方法相适应的。人们知道自然界是处在永恒的运动中，但是根据当时的想法，这种运动是永远绕着一个圆圈旋转，因而始终是停留在同一地点：总是产生同一的结果。”由于当时太阳系发生说刚刚提出，地球发展史即地质学还完全无人知晓，而关于现今的生物是由简单到复杂这样一个长期进化的结果，还根本不可能科学地产生出来。“因此，对自然界的非历史的观点是不可避免的。”
经典的理论构成了确定论的描述框架，整个宇宙是一架硕大无比的钟表，过去，现在和将来都按照确定的方式稳定地有序地运行。相对论的创立突破了牛顿的绝对时空观，但在我们生活的宏观低速世界里，爱因斯坦并未向牛顿的钟表模式提出挑战。但统计物理和量子力学的创立，揭示了微观粒子运动的随机性，大量微观粒子的运动遵循着另一种规律——统计规律。描述统计规律的概论论方法从此获得了独立的科学地位，世界又获得了另一幅随机性的科学图象。确定性联系着有序性，可逆性和可预见性。随机性联系着无序性、不可逆性和不可预见性。确定论（即决定论）和随机论是在认识论和方法论上相互对立的两套不同的描述体系。这两大体系虽然在发展过程中，在各自的领域里“成功地”描述过世界，但客观世界只有一个，世界到底是确定的还是随机的？是必然的还是偶然的？是有序的还是无序的？是否将世界分成两半？这是一个长期争论而未得到解决的问题，在混沌发现之前，科学已认识到，随机性可以起源于大数现象和群体效应。但人们长期认为，随机性只是某些复杂系统的属性。经典科学不论在宏观世界还是微观世界，都追求精确和清晰地描述物质运动的确定性规律。一旦发现了复杂的非线性的不确定的现象，就加以忽略或无力解释。极小误差、四舍五入、满于近似值。经典科学一遇到非线性，就把它们当作“例外”，“小项”、“误差”、“噪声”，舍弃。然而，混沌研究表明：一些完全确定性的系统，不外加任何随机因素，初始条件也是确定的，但系统自身会内在地产生随机行为，而且，即使是非常简单的确定性系统，同样具有内在随机性。内在随机性的根源出自于系统自身的非线性作用。即系统内无穷多样的伸缩折叠变换。自然界和人类社会绝大部分的系统都具有这种非线性特性。因此，随机性是客观世界的普遍属性。世界是有序的还是无序的？从牛顿到爱因斯坦，他们都认为世界在本质上是有序的。有序等于有规律。无序就是无规律。系统的有序有律和无序无律是截然对立的。这个单纯由有序构成的图象，有序排斥无序的观点，几个世纪以来，一直为人们所赞同。但是，混沌的出现向这个单一图象提出了挑战。经典理论所描述的纯粹的有序实际上是只是一个数学的抽象。现实世界中被认为有序的事物都包含着无序的因素。混沌学研究表明，自然界虽然存在一类确定性动力系统，它们只有周期运动，但它们只是测度为零的罕见情况。绝大多数非线性动力系统，即有周期运动，又有混沌运动。虽然并非所有的非线性系统都有混沌运动，但事实表明，混沌是非线性系统的普遍行为。混沌即包含无序，又包含有序。回顾历史，量子力学创立前，人们长期认为，波动性和粒子性是两个截然对立的物质属性。后来，爱因斯坦等人提出了著名的微观粒子波粒二象性观点，认为波动性和粒子性是微观粒子统一的基本属性。从而极大的推动了科学的发展。与此惊人地相似，混沌学的创立，正在缩小确定论和随机论这两大体系之间的鸿沟，世界既不能分成两半，也不是非此即彼。混沌学研究揭示，世界是确定的、必然的、有序的，但同时又是随机的、偶然的、无序的。有序的运动会产生无序，无序的运动又包含着更高层次的有序。现实世界就是确定性和随机性、必然性和偶然性，有序和无序的辩证统一。
现代科学的机械论思想方法，是要发现事物之间的每一个相互作用机制，然后按照这个机制控制事物。这是一个方法，这个方法肯定没有错误，肯定会有结果。但是，世界上的事物的数量太多，这个方法肯定是需要好多时间，不能满足我们的要求的。对于复杂系统的研究发现，复杂系统具有自组织能力，只要发动起这个能力，我们不用直接处理事物之间的每一个相互作用，复杂系统自己会解决好自己的问题。说一个通俗的话，机械论不是不对，而是太笨。当然，如果只是时间慢一点，最终能够解决问题也好。但是，实际上，对于复杂系统问题，用机械论的思想方法根本无法解决。可以用量的概念通俗地说明，如上面网友所说的“人类有3万多个基因，这已经是一个非常庞大的数目，把每一个基因与它相关的基因的关系研究作为一个研究点话，那么这样的研究点是海量的。”这些基因所对应的蛋白质数量更大。以这样的基本数量为基础的排列组合是天文数字，我们不可能愚蠢到按这个方法去寻找事物相互作用的机制。这就是机械论与系统论的区别。我在这里说自然科学从整体时代走向分析时代，只是用历史的观点说明机械论的进步意义。但是，同样用历史的观点，我们现在要说机械论已经是错误的思想，落后的思想，系统论是先进的思想，正确的思想。
我们许多人对现代科学的分工与线性因果关系的研究方法佩服得五体投地。认为这是最好的制度和方法。至于说在这样好的方法面前还有一些问题不能解决，大家是不以为然的，认为这只是一个时间问题。现在我要说的是，我们是否可以换一个思想，是否可以怀疑方法的正确性？系统论思想正是这样，它告诉我们分工和线性因果关系的研究方法是永远也不能解决复杂系统问题的。前面网友所说的，在系统论来讲，叫做“决定论思想”，这个问题我已经在第22篇文章中说过了，网友们可以再回头看一看。我现在所宣传的正是要大家放弃分工的思想，而用综合的系统思想研究问题。目的是为了解决那些我们现在还不能解决的复杂系统问题。20世纪这100年里，自然科学有很多新成果。这些成果可以分为两类，一类是还原论的东西，另一类是系统论的东西。还原论的东西是机械论自然科学的一贯思想产物，具体成果是新的，但是，方向是旧的，是落后的东西。系统论是新的，真正先进的东西，是可以帮助我们解决复杂系统问题的东西。我现在所要做的工作，就是要大家知道，自然科学还有这样的两种，我们要放弃旧的机械论还原论的科学，要学习新的系统论的科学。
三  绝对时空——时间箭头
在牛顿力学中，在现代机械论科学范畴内，时间是绝对的概念。时间是永恒的、无尽的，而且是没有方向的。因此机械论的科学定律一个特点就是与时间无关。不论在何时何地，运动都以同样的规律进行。所有这些运动都是可以重复的，因为它的上一次运动与下一次运动不会因为时间的不同而有所不同。特别是这一点竞成为现代自然科学评价一个研究成果是否科学的硬指标。即“可重复性”。如果你的实施能在别人的实验中得出相同的结果，那么，这就证明你的实验是正确的，相反，如果你的实验不能被别人重复，那么就证明你的实验是错误的。然而后现代科学在对复杂物质的研究中发现了一个与上述现象根本不同的现象。因为复杂物质内部呈现出多层次多子系统立体交叉相互作用的复杂网络，各组成成分之间的相互作用是无限的和随机的。这样其中任何一个组成成分所受到的作用在不同的时间是绝对不同的，所有这些不同，最终反映在系统总的结构和功能上。即任何一个复杂系统，它的结构和功能，在不同的时间里是不相同的，（一个运动员在不同的时间表现出不同的功能状态）。这样我们就看到，一个复杂系统随着时间的改变，结构和功能也呈现出一幅不断变化的演化过程。这个过程有开始，有高潮，也有结束。针对这个现象，后现代科学给起了一个概念，叫“时间箭头”。即，时间是有箭头的，是有方向的，这就是由复杂物质诞生的那一时间，指向它死亡的那一刻。把系统理论落实到人体，就是说，人的生命活动是有时间箭头的，从诞生指向死亡。在人体中，现在时刻的结构和功能，与上一时刻的不同，也与下一时刻的不同。时间箭头的存在，使我们认识到，忽略时间因素，企图将机体的构造和功能完全拉回到发病前的平衡状态的负反馈调节治病方法，当然是不会有好结果的。因为生命是不可逆转的，我们的生命只能向前走，即使前面是死亡。我们所说的生命的不断更新，子系统会在新的条件下达成系统的新的平衡，正是指这种在生命前进过程中不停交替的出现的生命形态。随着每一时刻的逝去，他早已不是原来的自己。所有这些汇集起来，就得出后现代医学新的病理思想。疾病发生本身已证明负反馈失效，按生命时间箭头的特性也不可能用负反馈恢复已逝的生命。治疗的根本措施应该是支持子系统的正反馈，使机体尽快完成新旧结构的交替，在新的条件下达到新的平衡。

杨鸿智

《红军长征自由共享>生物化学》
a123456（论坛版主）：确实不错，谢谢！
《凤凰论坛首页>世纪大讲堂》
非洛：看见你的大作了，有时间再来认真拜读。现在很忙，没有那么多时间。
《中国生命科学论坛 → 学术争鸣与创新园地 》
Harvey：哇！辛苦了，谢谢。请问这电子版的吗？如果是再那可以下载？
《丁香园— 医药生命科学动态跟踪》
biozy（丁香园主任）：拜读了一下 但就只读了这个帖子
所以不知道整个专集是在写科普文章 还是从哲学高度对现代医学做个评判/预测 还是要说中医的远见性
xuhongbin：呵呵，我是为了看主任的回帖，才进来的。这样的贴，没有引起大家的讨论，不知道是不是一种失败
biozy（丁香园主任）：某些观点确实还是有前瞻性的。所以 我总觉得更有些哲学的味道。哲学总是在前进的道路上等着自然科学
ctla4：任何一个理论都有一定的适用范围，都有一定的内涵和外延。基因理论本身没有错，只是人们把它的作用跨大了。
《丁香园— 遗传学与发育生物学讨论版》
dehuixu：很好，谢谢！
《红军长征自由共享> 医学专版》
boying0928: 很好的贴子，好好学习一下。
《凯迪社区 → 开心科普》
53度：斗胆请教杨主任：中国医药信息学会是个什么机构？在民政部门登记了吗？在中国科协注删过吗？与中华医学会有无关联？请告之能在网上点开的网址。   谢谢。如果杨主任不回答上述极简单而实在的问题，只能证明“中国医药信息学会”是个草台班子，你的那个“主任”头衔也不应该再用了，不然，指控你招遥撞骗还是成立的，何况还有“非法结社”！
《中国生物论坛社区 →遗传学与发育生物学》
chessglad：to 杨鸿智：你的话，高中生听了会崇拜你，大学生听了会不知可否，专家听了会发现错误太多。我不是专家，不过我发现你对什么是“基因理论”都不懂，就敢说对基因理论的再认识，勇气可嘉。你的错误太多，不能一一批驳，单从这一章的结论来看，可以说每一句话都是错误的。“基因只是一个简单结构”：什么叫简单？基因只是一种结构？“它自身无法体现生命功能”：基因不体现生命功能？细胞是能够从环境摄取物质和能量的最简单系统，是生命的基本结构：病毒不具备细胞结构，不是生命？
杨鸿智：
to  chessglad：
从你的这个帖子可以知道你是站在现代科学的立场说话的。正如我已经说明的，我是“后现代科学”的立场。一个“后”字说明了我们思想的距离是很大的。所以，你说我“每一句话都是错误的”是非常能够理解的。事情往往是这样，如果思想距离太大，就不能够进行思想交流了。没有一点共同语言怎么交流？当然，这也不是绝对的。你现在只是发表了一个“态度”，没有具体内容，如果你能够对我的思想进行一些具体的，有内容的批评，也许我们能够找的交流的语言。